La Administración española ha estado presente en todas las rondas de negociación de acuerdos atuneros comunitarios y mantiene un estrecho contacto con el sector pesquero implicado en las mismas, como ha sido el caso en las negociaciones en materia de pesca entre la Unión Europea y las Islas Comores. Durante todo el proceso negociador, la Administración española, en consulta con el sector afectado, ha mantenido una posición contraria a que se aceptase un incremento de los cánones. Esa postura se mantuvo también en el momento de la firma del Protocolo por parte de la Comisión Europea y se ha mantenido una reserva, junto a otros Estados Miembros como Francia, Italia y Portugal, durante toda la tramitación del expediente en el Consejo de Ministros. La abstención de España, Francia y Portugal sobre esta propuesta de decisión obedece al compromiso de la Comisión Europea de consultar adecuadamente al sector afectado y organizar antes de final de año una reunión en la que puedan discutirse todos los aspectos relativos a la pesca atunera. La no adopción de un acuerdo antes del 30 de septiembre hubiese supuesto que no se pudiera abonar a las Islas Comores la contrapartida financiera, con el posible efecto de la suspensión de la actividad de los buques de pesca en esta zona. Por ello, la acción común y concertada de los Estados Miembros afectados ha permitido que continúe la actividad pesquera en la zona, en la que faenan con licencia 14 buques españoles, además de los compromisos de diálogo y concertación con la industria afectada que ha asumido la Comisión.
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