Begoña Nieto es ingeniero agrónomo por la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos de la Universidad Politécnica de Madrid y funcionaria del Cuerpo de Ingenieros Agrónomos del Ministerio de Agricultura.
Su carrera profesional en el Ministerio de Agricultura comenzó en el año 1985, en el ámbito de control de calidad y la represión de fraudes en los alimentos, dentro de las funciones encomendadas a la Dirección General de Política Alimentaria.
De 1994 a 1996 ocupó el cargo de Subdirectora General del Instituto de Denominaciones de Origen, responsable del desarrollo de políticas de calidad diferenciada de los alimentos. Durante esta época también fue la representante de España ante la Organización Internacional de la Viña y el Vino.
A partir del año 1996 ocupó el cargo de Subdirectora General de Planificación Alimentaria, desempeñando funciones relacionadas con la tipificación de los alimentos y su desarrollo legislativo. Asimismo, fue representante del MAPA en la Comisión Interministerial de Ordenación Alimentaria y en la Comisión Nacional de Bioseguridad, así como miembro de la delegación española en el grupo "Novel Food" de la Comisión y representante de España ante el Codex y ante la OCDE, en materia de seguridad alimentaria.
Desde el año 2000 ha sido la Subdirectora General de Mercados y Producción Agroalimentaria, siendo responsable del seguimiento de la evolución de los mercados de productos agroalimentarios y de establecer canales de colaboración con los distintos integrantes de la cadena alimentaria, en especial la industria y la distribución comercial.
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