Las áreas temáticas establecidas para este II Congreso son: la selección animal; la genómica en los programas de mejora e investigación de las razas de ganado español; los programas I+D+i en la ganadería española; la reproducción animal; la sanidad animal; los programas de gestión económica, productiva, reproductiva y sanitaria de los rebaños, los sistemas de producción y bienestar animal; la ganadería como factor esencial en la conservación del medio ambiente; la calidad de los productos de las razas autóctonas y su futuro en el mercado; las perspectivas y el futuro de las razas autóctonas en el mercado internacional; y la política agraria de la Unión Europea a partir de 2013.
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