En el borrador, la Comisión especifica que en los últimos años han proliferado un gran número de sistemas de certificación de ámbito privado, local y nacional para productos agrícolas y productos alimenticios, unos 400 sistemas de certificación diferentes según un inventario preliminar de la Comisión Europea en 2006.
Esta situación ha generado problemas como la insuficiente transparencia de los requisitos de los sistemas; su efecto negativo en el mercado único; su posible efecto sobre las relaciones comerciales, incluidas las cargas sobre los agricultores y los productores, etcétera, según recogía la «Comunicación sobre la calidad e los productos agrícolas» presentada por la Comisión Europea en mayo de 2009 y en la que se basa el borrador de directrices de buenas prácticas para los regimenes de certificación de calidad.
El documento de directrices para las buenas prácticas en los regimenes de certificación de calidad de los alimentos consta de 8 apartados: introducción; ámbito y definiciones; reglas y normativa relacionada en la UE; recomendaciones relacionadas con el desarrollo de los esquemas de certificación; recomendaciones relacionadas con los requisitos exigidos en los esquemas de certificación; recomendaciones sobre la certificación y la inspección; recomendaciones sobre el reconocimiento mutuo entre diferentes sistemas y directrices por áreas.
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