El Reglamento del Consejo de la Unión europea y el Reglamento de aplicación de la Comisión mantienen las características básicas de la regulación comunitaria sobre organizaciones de productores, si bien establecen mayor flexibilidad y potencian las funciones de las asociaciones de organizaciones de productores. Entre los principales cambios destacan la posibilidad de reconocimiento por producto, y una mayor flexibilidad en su funcionamiento, que debe ser desarrollada por los Estados miembros. Entre los aspectos que son objeto de desarrollo en el Proyecto de Real Decreto destacan los criterios de reconocimiento en cuanto a productos, número mínimo de socios y volumen mínimo de producción comercializada, periodo mínimo de adhesión de los socios a la organización y control democrático.
En el Proyecto de Real Decreto se prevé también el traspaso de la competencia de reconocimiento de las organizaciones de productores nacionales a las comunidades autónomas donde radique su sede social, lo que ha provocado preocupación entre los asociados de FEPEX por el insuficiente desarrollo de la colaboración administrativa entre las diferentes administraciones autonómicas afectadas para la tramitación de estos expedientes, como se ha puesto en evidencia en la gestión administrativa de los fondos operativos de estas organizaciones.
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