La agricultura ecológica surge como respuesta a la agricultura intensiva basada en el monocultivo y en el uso de agroquímicos. Queda claro que es un método de producción basado en el respeto al medio ambiente, mediante el cual se intentan recuperar zonas o cultivos que han sido manejados mediante métodos de producción convencionales, donde el uso de agroquímicos de síntesis para solventar todos los problemas, ha sido la base.
Todos los problemas de plagas y enfermedades que se producen en los sistemas agrícolas actuales están basados en desequilibrios. Es decir, debemos conseguir que el equilibrio en el sistema agrícola sea los más parecido a un ecosistema. Algo que con los sistemas de producción actuales no ocurre, permaneciendo bastante alejados de este concepto. Para conseguir el equilibrio en un sistema es conveniente que el flujo energético sea lo más cerrado posible. Cómo conseguimos eso, pues, evitando en la medida que se pueda, la entrada de insumos (materias primas) externos al sistema.
En agricultura es imposible hablar de un sistema totalmente cerrado porque el objetivo es obtener una producción. No obstante usando técnicas como el compostaje, asociación de cultivos, rotaciones, recuperación o desarrollo de semillas tradicionales, seleccionando las mejores año tras año; podemos conseguir restablecer un sistema más cerrado donde los flujos energéticos estén relacionados y no sean necesarias las aportaciones externas salvo en momentos puntuales. Este proceso es lento y dependerá del tipo de cultivo que manejemos y del entorno en el que estemos, ya que la degradación de este influye mucho en su recuperación.
Es fundamental el uso de técnicas tradicionales que sean favorables. Esto no quiere decir que los avances tecnológicos actuales no sean compatibles con la agricultura ecológica, sino que no están orientados al uso en sistemas de producción ecológicos, por lo que deben ser adaptados en los casos posibles y rechazados cuando la adaptación no pudiera llevarse a cabo.
Como conclusión decir que los sistemas de producción ecológicos requieren una evaluación completa de la zona, basando el trabajo en respetar el medio ambiente en todo el proceso de producción, favorecer la fertilidad y la vida en el suelo, ( no debemos olvidar que es la base de la agricultura y que los desequilibrios físicos, químicos y biológicos que sufra ocasionan desequilibrios en el funcionamiento de las plantas, haciéndolas más sensibles a plagas y enfermedades y por tanto menos productivas), y favorecer la biodiversidad de flora y fauna. Esto, combinado con una buena programación agrícola y un conocimiento de las condiciones ambientales que se producen o se pueden producir en la zona, son la base del trabajo en la agricultura ecológica.